因为前线将领和在京官员的一致弹劾，三天之后，建文帝终于对一直执掌朝廷文武大权的黄子澄、齐泰给予了严厉的制裁。两人被剥夺官职，流放出京，并籍没其家。
与此同时，建文帝以议和派的茹常取代齐泰、李景隆取代黄子澄，主持朝政，同时派使臣向燕王朱棣商量和解。三十年河东转河西，上一次燕王求和，而建文帝不允，这一次却又换成建文帝向燕王求和了。
令少壮派和倒黄派失望的是，皇帝身边还留下了一个方孝孺。
方孝孺、黄子澄、齐泰，这三个极品，任何一个都拥有极大的能量，足以让强变成弱、让好变成坏的巨大能量，皇帝身边还留着一个方孝孺，那怎么成？奈何，黄子澄和齐泰已经把所有的罪责都扛下来了，方孝孺又有皇帝的维护，他们一时也没有办法。
齐泰和黄子澄离京之日，方孝孺、陈迪等人执手相送，一直送到长江边上。长江岸边，方孝孺把两份密旨悄悄塞到他们手中，悄声道：“二位大人，此去明为流放，实为征兵，皇上对两位大人可是信任依旧啊。京里这边，我会等待机会，只消朝廷打上几个胜仗，时机成熟，我就会立即向皇上进言，宣召你们回京的。”
黄子澄拱拱手道：“一切，有赖孝直先生了。”
齐泰还惦记着联盟大事，殷殷嘱咐道：“孝直先生，切莫忘了搬取强援。”
方孝孺颔首道：“尚礼放心去吧，从这里回去，我便去中山王府一行。”
黄子澄和齐泰的船扬帆远航了，方孝孺怅望良久，这才吁叹一声，返身上轿，与礼部尚书陈迪，直奔中山王府。
方孝孺如今育有四子，当然，这是指的嫡子，方博士是个很拘守古礼的人，对人言起家中子女，他对嫡庶是分得很清楚的。官绅人家的庶子，地位只不过比家仆高了半截，那只是与妾侍欢好的副产品罢了，所以他从不提起自己的妾室所生的儿子。
他的嫡子中，长子方中愈已经成亲，次子方中宪正值适婚年龄，另外三子方德宗、四子方朗还是少年郎。此时，四个儿子都还在家乡读书，并未随他赴京。对于和中山王府结亲，方孝孺并不觉得自己是高攀了，甚至还觉得是迁就了。
说起来，他们家不但是诗礼传家的书香门第，而且是官宦世家，他的曾曾祖父就是读书人，在地方上做父母官，只不过官越做越小，到了他祖父的时候，就只担任过蒙元朝廷的鄞县教渝了，到了他父亲方克勤，连教谕也没得做了。
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不过，那时候天下乱象已现，各地义军迭起，吴江同知金刚奴奉大元行省之命招募水兵抵抗义军，方克勤闻讯后觉得做官的机会来了，连忙兴冲冲地赶去为金刚奴献计平叛，奈何这位蒙元的官员并不采纳，还把他轰了出来，结果方克勤被乱军裹挟入山，反而成了他本来要去剿灭的义军的一员。