满洲本身就是蛮夷出身，讲究实力为尊，在这种情况下，哪怕皇太极继位后，他本身的实力也不支持他做一个实权的大汗。
因此，皇太极为了强化自身的君权，开始对八旗进行动手，他首先认准的目标便是阿济格、多尔衮和多铎三兄弟，因为当时的三人年纪都很小，像多尔衮只有十二岁，多铎只有十一岁，名义上虽然掌管了两黄旗，可终究没人真正听他们的。
于是，皇太极先是从身份尴尬的杜度的手里接管了镶白旗，交给了自己的长子豪格统领，而后用自己的两白旗和多尔衮三兄弟的两黄旗换番号，从而让自己麾下变成名正言顺的两黄旗，取得大义的名义。
至此，得到了名义上的两黄旗（实际上的原两白旗）的皇太极，终于摆脱了实力倒数的局面，而就在他打算对代善的两红旗，却没想到天降喜讯——原来掌管两红旗的代善和长子岳托闹翻了，而岳托当时正是镶红旗的旗主！
岳托和代善闹崩的原因很简单，因为他的生母死得早，代善也早早迎娶了后妈叶赫那拉氏，而叶赫那拉氏也给代善生了自己的孩子，使得代善原配留下来的岳托硕托俩兄弟，瞬间成了没了娘且没爹疼的半孤儿。
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在这种环境下成长的岳托，与代善之间的关系非常恶劣，甚至后来代善还被剥夺了监护权，将岳托交给了皇太极的额娘孟古哲哲抚养，使得皇太极与岳托的关系极佳，因此在皇太极继位后，岳托也十分迅速的靠拢了皇太极，镶红旗也就成为了皇太极的基本盘。
至此，皇太极手握两黄旗加上镶红旗，可是相比起多尔衮三兄弟手中握着的两白旗实力上却并不占优势，因为此时多尔衮三兄弟手中的两白旗其实就是努尔哈赤时代的两黄旗，不仅人多势众，且极为精锐，即便是对付其余的三个旗都不会落下风。
于是，皇太极继续拉拢阿敏和莽古尔图，将正蓝旗、镶蓝旗以及正红旗也勾结了过来，形成了六旗对两期的局面，成功将原本可以成为衔接多尔衮三兄弟的重要人物，也就是努尔哈赤的妃子阿巴亥殉葬。
等到阿巴亥死后，剩下的三兄弟年龄太小，根本不足以服众，自然也就无法威胁到皇太极的地位。
而此时的皇太极又调转枪头，积极拉拢三兄弟，转过头来对付代善、阿敏和莽古尔泰三人，先是抓住了阿敏的把柄，将阿敏削爵囚禁，使其十年后病卒，其次便算计莽古尔泰，成功激怒莽古尔泰，使得莽古尔泰被降为多罗贝勒，而后没几年莽古尔泰就病死了，正蓝旗落在了德格类的头上，后来德格类也病死后，其家奴冷僧机污蔑其族造反，使得皇太极有理由将当时的正蓝旗进行了全面清洗，从而吞下了正蓝旗。
在吞下了正蓝旗后，皇太极先是将正蓝旗和正黄旗直接进行混编，而后将实力庞大的正黄旗拆分成新的正黄旗和镶黄旗，再抽调了八个牛录给豪格，再用三个牛录给阿巴泰，使得阿巴泰去给豪格当副手，而后便将豪格的镶黄旗变成了正蓝旗。