得知团练纵火烧掉了小半个济宁之后，蔡锷面色铁青，咬牙下令：“给我追！放跑了清军都无所谓，那些团练武装必须给我灭了，一个不留！”
事实上，在守军渡过运河后，负责围城的黑衣军两个团便尾随其后，渡过运河追杀过去，天刚亮就让他们咬住了一支一千来人的团练武装，将其团团包围。正好，蔡锷“一个不留”的命令到了，两位团长果断调来配属给他们的105毫米口径榴弹炮，对着包围圈内的团练武装猛轰，同时又调来十几门抛射炮，一口气向那些本身就被榴弹炮轰得六神无主了的团练武装发射了上百枚凝固汽油弹！那猛烈的炮火和黏上身后就再也甩不掉了的凝固汽油弹让团丁们魂飞魄散，炮火一停，不等黑衣军发动总攻便把自家老爷给绑了，向黑衣军投降！
黑衣军倒也干脆，没有太为难普通团丁，只是简单的审讯一下，将参与放火的拎出来押回济宁，剩下的送进战俘营，然后继续追击。清军和团练武装前脚刚到巨野，他们后脚便追到了，并且抢先一步派飞机往巨野撒下大量照片，照片上全是济宁大火后的惨状，意思再明确不过了：
你们真的要把他们放进巨野去吗？就不担心他们像对待济宁那样对待你们，一把火将巨野烧成焦土？
这一招攻心为上实在是狠，巨野的士绅固然是害怕黑衣军，但看了那些照片之后，他们更害怕清军和跟在清军后面的那些团练武装。黑衣军下手再黑也没有作出过这等焚城的暴行，只要你识相，认输，他们不会太过为难你。这帮家伙可不一样，为了泄愤，他们可以一把火把小半个济宁给烧成焦土，要是把它们放进巨野万一战士不利，他们会不会也一把火把整个巨野都给烧了呢？要知道巨野只是一座小城，跟济宁没得比，在济宁放的那一把火只是烧掉了十来个街区可要是在巨野放这么一把火，估计除了城墙啥都没得剩了！
巨野县令跟四神们商量了一阵子之后，果断决定关闭成文，拒绝放清军入城。这下子从济宁逃过来的清军和团练全都傻了眼巨野，城门紧闭，后面黑衣军紧追不放，前无去路后有追兵，他们已经无路可逃了！
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慌乱之下，清军将领作出了一个让他们万劫不复的决定，指挥各部向巨野发动猛攻，试图抢在黑衣军将他们包围之前拿下这座城市，以球的一线生机。可手机也得清军和地方团练，也不是吃素的，他们用沙袋和石条将城门堵得死死的，全城青壮全部登上城墙，奋力抵挡清军的进攻，一时之间，层层上下枪弹横飞，杀声震天，打的要多热闹就有多热闹。
追击过来的黑衣军也有点傻眼了：我们都还没动手呢，他们怎么自个打起来了？
黑衣军是傻眼了，可巨野县令没杀他，派人出城像黑衣军苦苦哀求：“现在那些乱军都已经疯了，你要是让他们杀入巨野，只怕连只活鸡都不会留下来，求求你们久久聚也成这几万老百姓吧！”
既然人家都苦苦哀求了，黑衣军也不好意思吊着人家的胃口，毕竟这太不厚道了。他们果断从后面向清军发动进攻，105榴弹炮和240毫米口径抛射炮猛轰，迫击炮猛砸，轻重机枪狂扫，将清军杀得人仰马翻，仅仅一天就将那数千清军和团练武装给扫荡一空，然后在巨野百姓的欢呼声中昂首挺胸开进巨野城。士绅们激动得热泪盈眶，备下美酒佳肴为他们庆功……
这副本打开的方式似乎有点儿不对？
好吧，甭管那些士绅的热泪到底是激动得流出来的还是被吓出来的，反正真的是热泪盈眶，对黑衣军不敢有半点怠慢。他们算是看开了，让黑衣军占领巨野，他们顶多就是失去田地，完全可以凭借祖辈积累下来的财富做点生意嘛，日子不会过得太差。而要是让那些溃兵冲进城来……呵呵，只怕他们骨灰都得被扬了！是黑衣军救了他们，救了整个巨野！
至此，济宁之战落下帷幕。这是自辛亥革命爆发以来双方投入兵力最多、技术装备最多、兵员素质最高、厮杀得最惨烈的一场战役，四万三千清军对阵三万黑衣军，双方在境宁境内各显神通，大打出手，一度杀得难分难解。但最终还是黑衣军抓住战机，一举打残了第五镇，打开了局面，清军兵败如山倒，济宁全境落入黑衣军之手。此役，张永成千辛万苦调集的四万大军，除了第九协的残兵败将和第十协之外共计六千余人之外，基本损失殆尽，黑衣军共计歼灭北洋军、清军、武装团练四万二千余人，光是俘虏就抓了三万多。
这也是黑衣军打过的最惨烈的一战，第2步兵师伤亡近三千人，绝大多数是拜第五镇所赐。十四比一的交换比，非常漂亮，但蔡锷是不会为此感到骄傲的，因为他损失的，可都是些有四年军龄的老兵！